En materia de cooperación nacional, la ANUIES tiene por objetivo fortalecer los recursos académicos de las IES afiliadas mediante la creación y el fortalecimiento de las relaciones de cooperación con sus contrapartes a nivel nacional mediante el establecimiento de programas y acuerdos que promuevan:
- La movilidad de estudiantes, profesores y administrativos
- El establecimiento de redes académicas
- La formación de cuadros de las unidades de cooperación
- El desarrollo de estudios y sistemas de información relativos a la cooperación nacional
- Los proyectos de cooperación académica específicamente el Programa de Apoyo a Estudiantes Indígenas en IES (PAEIIES)