La ANUIES agrupa a las principales instituciones de educación superior del país y tiene como misión contribuir a la integración del sistema de educación superior y al mejoramiento integral y permanente de las instituciones afiliadas en los ámbitos de la docencia, la investigación y la difusión de la cultura, en el contexto de los principios democráticos, de pluralidad, de equidad y de libertad, para lo cual promueve la complementariedad, la cooperación, la internacionalización y el intercambio académico entre sus miembros".

"Impulsa el desarrollo de la educación superior en las diversas regiones y estados del país en el marco del federalismo y el fortalecimiento de las diferentes modalidades institucionales. Para ello diseña y promueve iniciativas educativas, propone y concerta políticas de Estado en la materia, considerando las atribuciones de los organismos de la sociedad civil y los ámbitos de competencia de los tres niveles de gobierno, y realiza estudios estratégicos para prever las principales tendencias futuras y sustentar la toma de decisiones para consolidar el sistema de educación superior en México".

"Articula y representa los intereses académicos y administrativos de sus afiliadas ante las instancias de los poderes ejecutivo, legislativo y judicial en los ámbitos federal, estatal y municipal y ante los organismos públicos y privados, nacionales y extranjeros, relacionados con la educación superior".

La nueva Misión de la ANUIES y de su Secretaría General Ejecutiva fue aprobada en el marco de los trabajos de la XXIX Sesión Ordinaria de la Asamblea General, celebrada en septiembre de 1998 en la Universidad de Guanajuato y en los Institutos Tecnológicos de Celaya y León.